初期導入や運用にかかる費用が高い。
オンプレミスで人材管理システムを動かすためには、まず初期費用として、サーバー等のハードウェア機器を揃えたり、ソフトウェアのライセンスを購入する必要があったりと、稼働するための初期投資が非常にかかります。また、データセンターを構える場合、別途施設を設置するための費用もかかりますし、技術者を雇い入れる場合は人件費も発生します。 サーバーを運用する際にもランニングコストが発生します。ランニングコストとは、サーバーを維持するための固定費で、例えばサーバー起動を維持する電気代や、サーバーを動かし続けることで発生する発熱を抑えるための空調管理による電気代、災害等でサーバーの危機が損傷した際に交換する必要がある部品の調達費用等が含まれます。
運用・保守を自社で行わなければならない。
オンプレミスで人材管理システムを運用していく上で、OSやソフトウェアのアップデートは自社で行わなければなりません。また、社外から利用する場合は、別途社外からアクセスできるようにするための設定を行う必要も出てきます。それだけに、サーバーの運用・保守を行うだけでも、専門の技術者がいなければ、対応するのが非常に困難になってしまいます。
万が一障害が発生した際、対応できる技術者がいなければ、人材管理システムも当然利用できなくなります。技術者が社内にいない場合、または別の所にいる場合は、技術者が駆けつける必要も出てきます。
災害等で部品調達するとなったら、調達している間、システムが利用できなくなり、代替手段をとならければなりません。